Ayuda con uso de varios archivos de código fuente

Hola, estoy haciendo un programa que me cuente el tiempo de desarrollo con un cronómetro y que cuente las líneas de código del mismo. Con un solo archivo de código fuente se puede, pero cuando se usan clases para hacer un programa (que es lo que hacemos muchos), se me complica, si son por ejemplo 5 clases y un código central (osea 6 archivos), como le hago para guardar todas esas rutas. He pensado en un arreglo vector pero que hay si el usuario no sabe cuantos archivos tiene?